Voor het uitvoeren van haar taak heeft het Vlaams Dopingtribunaal in haar schoot een disciplinair orgaan opgericht, namelijk de Disciplinaire Commissie voor Elitesporters (DCE). Alle leden van deze commissie worden benoemd door de Raad van Bestuur van het VDT.
Deze Disciplinaire commissie zal in naam van de betrokken sportfederatie waarbij de dopingzondaar is aangesloten, de sancties toepassen die voorzien zijn in het intern tuchtreglement van deze sportfederatie. De betrokken sportfederatie heeft hiervoor immers opdracht gegeven aan het VDT via een ondertekende lastgevingsovereenkomst.
De Disciplinaire Commissie wordt zaak per zaak samengesteld uit drie rechters (één van de magistraten, één van de juristen en één van de artsen). De vervolgende instantie (het openbaar ministerie voor dopingzaken) is de procureur. Daarnaast beschikt de commissie ook over een griffie.